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微生物的溫度適應性由細胞遺傳物質脫氧核糖核酸（DNA）和核糖核酸（RNA）的遺傳密碼所確定。據報道，在高溫產甲烷菌中DNA和RNA中含有更多的G-C鍵，G-C鍵的連接是三個氫鍵，而A-T鍵的連接只有兩個氫鍵，前者更能抵抗較高溫度。嗜熱菌中的核糖體也比嗜溫菌更穩(wěn)定。菌種的生長溫度是菌種本身應有的特性，從生物遺傳原理可以得出一個重要的結論，即中溫菌不能經馴化而在高溫范圍生長。
低溫條件對中溫和高溫產甲烷菌都不利，低溫時，這些微生物不生長也不死亡，代謝極弱，處于休眠狀態(tài)，所以一般厭氧菌在4℃冰箱中保存。因為蛋白質合成的啟動受阻，不能合成蛋白質，中溫產甲烷菌在低于10℃的溫度下不生長。處于低溫下的微生物一旦獲得適宜的溫度可恢復活性，以原來的生物速率進行生長。因此在厭氧反應中，如果停止進水，溫度慢慢也會隨之下降。隔段時間再運行起來對厭氧的反應影響不是很大。這在實踐中得到了應用。
不同種群產甲烷菌的生長溫度范圍均有嚴格要求，因此，厭氧生化反應需要保持恒定。不論何種原因導致反應溫度的短期突變，對厭氧發(fā)酵過程都有明顯的影響。因此在設計厭氧反應器的時候溫度的控制必須考慮自動控制系統(tǒng)的安裝，確保厭氧厭氧反應溫度的穩(wěn)定性。
甲烷污泥在低溫下保存，可以保持其甲烷活性。在4℃儲存6個月的時間不影響污泥產甲烷能力。很明顯，這是因為在低溫下產甲烷菌的饑餓速率極低。
微生物甲烷菌的**適宜反應溫度，不一定是厭氧消化工藝的**佳溫度，因為生物生長**適溫度的概念僅僅是從微生物學角度出發(fā)的。但在具體的工程中，除了效率和產氣量因素外，還要考慮運轉的經濟性，操作管理的方便程度等更重要的因素。一般在廢水文錦渡較高（50℃以上），如在酒精廢水或有大量廢熱可以利用的條件下，才選用高溫厭氧工藝。一般情況下以采用中溫消化為宜，甚至采用常溫消化。
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